Rumah harta
(Baitul Mal) yang berlokasi di depan stasiun Kejaksan (sekarang menjadi gedung
SD Muhammadiyah 3 Kejaksan Cirebon) berdiri pada 1943, di tempat itu para
pemikir dan aktifis organisasi kemasyarakatan Islam Cirebon memulai segala
aktivitasnya. Pada waktu itu mereka sudah berfikiran maju serta mengedepankan
ukhuwah islamiyah untuk memajukan umat Islam di Cirebon, mereka adalah
Muhammadiyah, Nahdatul Ulama (NU), Al Irsyad dan Persatuan Umat Islam (PUI).
Dari diskusi mingguan yang rutin mereka laksanakan,
terbersitlah keinginan untuk mendirikan Balai Pendidikan Islam (BPI) sebuah
wadah institusi ormas Islam yang bertujuan menyelenggarakan pembinaan dan
pendidikan bagi anak-anak Islam. Pada saat itu belum ada institusi resmi milik
swasta yang khusus mengelola pendidikan.
Pada tahun 1948 lahirlah SMI dan SGI yang merupakan
cikal bakal pendidikan milik swasta di Cirebon. Tetapi dalam perjalannya,
selama 5 tahun, jatuh bangun dan tersendat ditambah kondisi pemerintah yang
belum stabil pascakemerdekaan. Melihat kondisi yang memprihatinkan seperti itu,
para tokoh ormas Islam menyerahkan pengelolaan pendidikan tersebut kepada
Muhammadiyah, dengan asumsi bahwa Muhammadiyah lebih cakap dan terampil dalam pengelolaan
manajemen.
Pada tanggal 1 Agustus 1953, beralih fungsilah
institusi tersebut menjadi SMP Muhammadiyah Cirebon yang berlokasi di Jalan
Bahagia menempati tanah wakaf keluarga Bayasut. SMP Muhammadiyah terus
berkembang. Partisipasi masyarakat dalam membesarkan pendidikan Muhammadiyah
sangatlan besar. Mereka berbondong-bondong menyekolahkan anaknya di SMP
Muhammadiyah. Karena jumlah siswa yang terus bertambah, maka dibentuklah SMP
Muhammadiyah 1 dan SMP Muhammadiyah 2 pada tahun 1965. Saat itu, SMP
Muhammadiyah 2 masih bergabung dengan SMP Muhammadiyah 1 dengan jam belajar
pada siang hari dengan status sekolah 'terdaftar'. Di bawah kepemimpinan KH.
Abdullah Rasyad Rais.
Dengan surat izin pendirian PP Muhammadiyah Majelis
PP&K No. 2547/M/501/II-58/72 dan Kanwil Departeman P&K Provinsi Jawa
Barat No. VII/8/553/1965, SMP Muhammadiyah 2 berupaya maksimal mengembangkan
diri sebagai sekolah swasta yang mengusung visi dan misi Islami, serta
mengembangkan kreativitas siswa di segala bidang. Pada tahun 1982 barulah SMP
Muhammadiyah 2 Cirebon menempati gedungnya sendiri yang berlokasi di jalan
Tuparev No. 70 A Cirebon, dengan status sekolah 'Diakui'. Pada tahun 1987 SMP
Muhammadiyah berganti pimpinan yaitu E.Muksidi.
Pada tahun 1995 s.d. 1998 Sugiarto Slamet, B.A
memimpin SMP Muhammadiyah 2 Cirebon dan berhasil meningkatkan status sekolah
menjadi 'Disamakan'. Karena keberhasilannya memimpin SMP, sebelum masa
jabatannya habis beliau diamanati untuk memimpin SMA Muhammadiyah Cirebon.
Sedangkan kepemimpinan SMP M2 Crb diamanatkan kepada Salim Sobari yang memimpin
sampai dengan tahun 2008. Pada tahun 2002 SMP Muhammadiyah 2 Cirebon mendapat
penghargaan dari Dinas Penidikan Provinsi Jawa Barat sebagai Sekolah yang
Bermutu Tinggi berdasarkan SK dari Kepala Dinas Pendidikan Provinsi Jawa
Barat Nomor: 002/KEP.3268-DISDIK/2002 tanggal 20 Juni 2002. Pada tahun 2005
status diubah menjadi akreditasi, dan SMP Muhammadiyah 2 Cirebon terakreditasi
A sampai dengan sekarang.
Pada tahun 2008 Suwali, SE menjadi kepala sekolah
tetapi karena beliau pensiun pada tahun 2009, maka kepemimpinan sekolah
diamanatkan kepada Eva Fauziah, S.Pd. Perubahan dilakukan oleh kepala sekolah
yang baru ini antara lain pembelajaran berbasis ICT mulai diberlakukan meskipun
belum pada seluruh mata pelajaran, yakni; Bahasa Indonesia, Matematika, IPA,
Al-Islam, Bahasa Arab, Bahasa Inggris, IPS, TIK. Pengembangan kompetensi siswa
pun terus dikembangkan dengan menambah ekstrakurikuler 'tim sain' dan 'tim
Bahasa Inggris', di samping ekskul yang sudah ada yaitu; seni bela diri Tapak
Suci Putra Muhammadiyah, Kepanduan Hizbul Wathan (HW), seni degung, paskibra,
futsal, PMR, dan yang akan dikembangkan untuk tahun ajar 2011/2012 adalah
komunitas foto grafi. Menjalin silaturahmi dengan orang tua pun dilakukan
antara lain dengan pembiasaan pertemuan rutin dengan orang tua yang selalu
diselipi dengan pengajian singkat dari majelis Tabligh PDM Kabupaten Cirebon. Dibawah kepemimpinannya SMP Muhammadiyah 2 terus berupaya mengembangkan kuantitas dan kualitas pendidikan di tengah desakan program sekolah gratis dari pemerintah dan keprihatinan kondisi finansial yayasan. Tahun 2012 SMP Muhammadiyah 2 berhasil meningkatkan nilai akreditasi dengan mempertahankan status akdreditasi "A" disamping itu bantuan RKB (empat lokal) dan Rehab berat (dua lokal) dari pemerintah pusat dan provinsi diterima oleh sekolah.
Pada 2 Februari 2013 amanat pimpinan kepala SMP Muhammadiyah 2 Cirebon diseraterimakan dari Eva Fauziah, S.Pd., M.Pd. kepada Drs. Arofah Firdaus, M.M. Eva Fauziah telah menyelesaikan tugas di SMP Muhammadiyah 2 Cirebon untuk memulai tugas barunya di SMK Negeri 1 Kedawung.